二十五、将第四十五条改为第五十条，删去第二款。

（旧法：城镇污水集中处理设施的出水水质达到国家或者地方规定的水污染物排放标准的，可以按照国家有关规定免缴排污费。）

二十六、删去第四十六条。

（旧法：第四十六条建设生活垃圾填埋场，应当采取防渗漏等措施，防止造成水污染。）

二十七、第四章第三节增加一条，作为第五十一条：“城镇污水集中处理设施的运营单位或者污泥处理处置单位应当安全处理处置污泥，保证处理处置后的污泥符合国家标准，并对污泥的去向等进行记录。”

二十八、第四章第四节增加一条，作为第五十二条：“国家支持农村污水、垃圾处理设施的建设，推进农村污水、垃圾集中处理。

“地方各级人民政府应当统筹规划建设农村污水、垃圾处理设施,并保障其正常运行。”

二十九、增加一条，作为第五十三条：“制定化肥、农药等产品的质量标准和使用标准，应当适应水环境保护要求。”

三十、将第四十八条改为第五十五条，修改为：“县级以上地方人民政府农业主管部门和其他有关部门，应当采取措施，指导农业生产者科学、合理地施用化肥和农药，推广测土配方施肥技术和高效低毒低残留农药，控制化肥和农药的过量使用，防止造成水污染。”

（旧法：第四十八条县级以上地方人民政府农业主管部门和其他有关部门，应当采取措施，指导农业生产者科学、合理地施用化肥和农药，控制化肥和农药的过量使用，防止造成水污染。）

三十一、将第四十九条改为第五十六条，增加一款，作为第三款：“畜禽散养密集区所在地县、乡级人民政府应当组织对畜禽粪便污水进行分户收集、集中处理利用。”

三十二、将第五十一条改为第五十八条，修改为：“农田灌溉用水应当符合相应的水质标准，防止污染土壤、地下水和农产品。

“禁止向农田灌溉渠道排放工业废水或者医疗污水。向农田灌溉渠道排放城镇污水以及未综合利用的畜禽养殖废水、农产品加工废水的，应当保证其下游最近的灌溉取水点的水质符合农田灌溉水质标准。”

（旧法：第五十一条向农田灌溉渠道排放工业废水和城镇污水，应当保证其下游最近的灌溉取水点的水质符合农田灌溉水质标准。

利用工业废水和城镇污水进行灌溉，应当防止污染土壤、地下水和农产品。）

三十三、将第五十二条改为第五十九条，增加一款，作为第五款：“进入中华人民共和国内河的国际航线船舶排放压载水的，应当采用压载水处理装置或者采取其他等效措施，对压载水进行灭活等处理。禁止排放不符合规定的船舶压载水。”

三十四、将第五十四条改为第六十一条，增加一款，作为第一款：“港口、码头、装卸站和船舶修造厂所在地市、县级人民政府应当统筹规划建设船舶污染物、废弃物的接收、转运及处理处置设施。”

三十五、将第五十五条改为第六十二条，修改为：“船舶及有关作业单位从事有污染风险的作业活动，应当按照有关法律法规和标准,采取有效措施，防止造成水污染。海事管理机构、渔业主管部门应当加强对船舶及有关作业活动的监督管理。

“船舶进行散装液体污染危害性货物的过驳作业，应当编制作业方案，采取有效的安全和污染防治措施，并报作业地海事管理机构批准。

“禁止采取冲滩方式进行船舶拆解作业。”

（旧法：第五十五条船舶进行下列活动，应当编制作业方案，采取有效的安全和防污染措施，并报作业地海事管理机构批准：

（一）进行残油、含油污水、污染危害性货物残留物的接收作业，或者进行装载油类、污染危害性货物船舱的清洗作业；

（二）进行散装液体污染危害性货物的过驳作业；

（三）进行船舶水上拆解、打捞或者其他水上、水下船舶施工作业。

在渔港水域进行渔业船舶水上拆解活动，应当报作业地渔业主管部门批准。）